Nach der Einführung der Reformation, seit dem Jahr 1535, feierten die Protestanten Gottesdienst in einem Raum des 1548 erbauten Gleisenauer Schlosses. In seinem Testament verfügte der Schlossherr Ludwig Reinhold Fuchs zu Bimbach, den Bau einer evangelischen Kirche. 1711 wurde die Kirche unter großer Mithilfe der Bevölkerung erbaut. Zum 200jährigen Jubiläum in den Jahren 1911/12 wurde der große Glockenturm angebaut. Die Kirche wurde mehrfach, zuletzt im Sommer 2001 grundlegend renoviert und statisch gesichert.
Im Jahr 1682 wurde in der evangelischen Pfarrei mit der Führung eines Matrikelbuchs begonnen. Seit dem Jahr 1590 bilden die Einwohner von Gleisenau und Ebelsbach eine Kirchengemeinde. Die Herren von Fuchs in Gleisenau und die Herren von Rotenhan in Ebelsbach unterhielten miteinander einen Prediger, der den Gottesdienst in einem Raum des alten, in Gleisenau 1548 erbauten und 1772 abgebrochenen Schlosses hielt. Jeweils am dritten Sonntag des Monats fand ein Predigtgottesdienst in der Rothenhanschen Schlosskapelle in Ebelsbach statt. Die Chronik berichtet, dass der gottesdienstliche Raum im Gleisenauer Schloss „sehr gering und unbequem" war.
Da sich der Pfarrsprengel vergrößerte und sich die Gemeindeglieder vermehrten, verstärkte sich der Wunsch ein den Verhältnissen entsprechendes, würdiges Gotteshaus zu besitzen. Aus dieser Zeit stammt eine Taufschale aus dem Jahr 1690, die noch heute verwendet wird.
Nachdem im Jahr 1704 das letzte Glied der evangelischen Linie der von Fuchs, Ludwig Reinhold, im spanischen Erbfolgekrieg tödlich verwundet wurde, ergab die Eröffnung seines Testaments, dass in Gleisenau aus gutsherrlichen Mitteln ein evangelisches Gotteshaus errichtet werden möge. In einem Kollektenbrief aus dem Jahr 1705 steht, dass sich „der hinterlassene Sohn dermalen nicht im Stande befindet, die Kosten so zu solchem Kirchbau erforderlich sind, aus seinen Mitteln allein beizuschürzen." Er fordert deshalb „alle und jeden, denen dieser offene Brief zu lesen vorkombt" auf, freiwillig nach besten Kräften am Bau der Kirche einen Beitrag zu leisten.
Im Jahr 1711 wurde der Bau unter erheblicher Mithilfe der Gemeinde begonnen und beendigt. Als Erinnerung an diese Zeit verbleibt über dem Haupteingang der Kirche das Wappen der Freiherren von Fuchs. Die Gründungsinschrift über dem Südportal der Gleisenauer Kirche bezeugt die Entstehung des Gotteshauses. Im Jahr 1711 wurde ein Abendmahlskelch gestiftet, der 2002 restauriert wurde und gegenwärtig wieder benutzt wird.
In Gleisenau wurde 1767 das Schloss an die Familie der Groß von Trockau verkauft. Die katholische Familie übte bis ins 20te Jahrhundert hinein die Patronatsherrschaft über die evangelische Kirchengemeinde Gleisenau aus. Noch heute gibt es im Pfarramt eine alte Altarbibel aus dem Jahr 1785, die von Pfarrer Friedrich Schaumberger für 7 Taler in Coburg für das Gotteshaus angeschafft worden war. Im Jahr 1815 hat die evangelisch-lutherische Gemeinde die Konfirmation eingeführt, im Rahmen der allgemeinen und verpflichtenden Einführung der Konfirmation in Franken zu Beginn des 19. Jahrhunderts. 1861 stiftete Pfarrer Konrad Blendinger eine weitere Altarbibel. Weitere gestiftete Altarbibeln folgten. Im Jahr 1888 stiftete Gabriel Thein aus Schönbrunn anlässlich der Konfirmation eine Taufkanne mit Schale. Sie ist noch heute in Verwendung. Der jetzige Taufstein wurde von Andreas und Katharina Eisenacher aus Schönbrunn gestiftet. Seit Beginn des 20. Jahrhunderts wurden von Konfirmandenjahrgängen Inventargegenstände für die Kirche angeschafft. Noch heute sind sämtliche Abendmahlsgegenstände aus dieser Zeit, sowie eine Altarbibel aus dem Jahr 1908 erhalten.
In der Kirchengemeindeversammlung am 18. Dezember 1910 wurde beschlossen, die Kirche im Jahr 1911, dem 200. Jubiläumsjahr, zu erweitern. Im Jahr 1911/12 wurde ein massiver Turm angebaut und mit drei Glocken bestückt. Die kleine Glocke (Taufglocke) ist noch heute erhalten. Sie trägt die Inschrift:
„Aus Gnaden selig durch den Glauben." Eine große Innenrenovierung wurde durchgeführt. Die Arbeiten begannen am 15. März 1912. Am Reformationsfest, dem 3. November 1912, wurde das Gotteshaus unter Beisein des königlichen Konsistorialrats Ostertag von Bayreuth wieder geweiht.
1915 wurde der Altar erneuert. Auf dem Altartisch wurde ein von Groß von Trockau gestiftetes Altarbild aufgestellt, dass die Grablegung Christi darstellt. Der Bamberger Ernst Bauer fertigte es 1912 an. Der Altar trägt das Bibelwort: „Er ist darum für alle gestorben, damit, die da leben hinfort nicht sich selbst leben, sondern dem, der für sie gestorben und auferstanden ist." Der barocke Altarrahmen wurde 1914 von dem Nürnberger Bildhauer J. Scharrer gefertigt. Das unter Pfarrer Hermann Medicus (1882-1996) angeschaffte Altarkreuz des Oberammergauer Holzschnitzers Joseph Mayr wurde an die Seitenwand neben der Kanzel gehängt.
Im Jahr 1917 , zum 400. Jubiläum des Thesenanschlags Dr. Martin Luthers, wurde die Kirche mit einem Bild des Reformators versehen, das Luther mit der Bibel als Richtschnur für das Leben der Christen zeigt. Es stammt von dem Bamberger Maler Ernst Bauer. Im Hintergrund des Bildes ist die Wartburg bei Eisenach dargestellt.
In diesen Jahren wurden von der Nürnberger Glasmalerei Heinrich v. d. Speck die Glasbilder im Altarraum geschaffen. Das linke Fenster verweist auf die Geburt Jesu („Euch ist heute der Heiland geboren") und wird von der Morgensonne beschienen. Das rechte Fenster zeigt die Auferstehung Jesu Christi („Ich bin die Auferstehung und das Leben") und erstrahlt am späten Vormittag im Gegenlicht. Das mittlere Glasfenster ist vom Altar verdeckt und zeigt ein einfaches Kreuzmotiv.
Im Jahr 1920 errichtete man eine Gedächtnistafel für die vielen im ersten Weltkrieg gefallenen Gemeindeglieder. Nach dem zweiten Weltkrieg wurden die Namen der Gefallenen auf Holztafeln ergänzt.
Im Jahr 1925 wurde der Gleisenauer Posaunenchor gegründet, der auch heute noch regelmäßig bei Festgottesdiensten spielt und das Leben der Kirchengemeinde mitgestaltet.
1942 wurden die beiden großen Glocken der Kirche aufgrund des Krieges eingezogen. Nur die kleine Taufglocke durfte bleiben. Im Jahr 1950 wurde wieder eine zweite Glocke für das Gleisenauer Geläut beschafft. Sie heißt „Vater Unser Glocke" und trägt die Inschrift „Land, Land, höre des Herrn Wort!".
Im Jahr 1960/61 wurde anlässlich des 250. -jährigen Jubliäums eine große Renovierung durchgeführt. Die alten Holzbänke wurden entfernt, die Empore erneuert und neue Bänke eingebaut. Der Fußboden im Kirchenschiff und im Altarraum wurde erneuert und gefliest. Viele ehrenamtliche Helferinnen und Helfer packten mit an. Die dritte, große Glocke wurde angeschafft: die Friedensglocke. Auf ihr findet sich der Gloriaruf der Engel: „Ehre sei Gott in der Höhe und Friede auf Erden."
1976 wurde die Orgel neu eingerichtet. Dabei wurden viele Elemente der Vorgängerorgel verwendet. Die Orgel wurde im Jahr 2006 für 40.000 Euro aufwendig überarbeitet und neu konzipiert.
1984 wurde eine weitere Innenrenovierung durchgeführt. Dabei wurden Feuchtstellen behoben. Im Altarraum wurde eine elektrische Fußheizung integriert und ein Holztonnengewölbe in weißer Farbe angebracht. Da die Kirchenmauern erhebliche Risse zeigten wurden zur Dachaussteifung Leimbinder an die Längsseiten des Kirchenschiffs gelegt und das Dach über dem Altarbogen und der Orgel durch Stahlträger verankert. Viele Gemeindeglieder haben bei dieser Renovierung wieder Hand angelegt.
Konfirmanden haben 1988 den Läufer und 1990 den Fahnenmasten gespendet. Die Bekleidungsfabrik Dittmann stiftete 1991 schwarze, rote und grüne Paramente. 1990 wurden Instandsetzungsarbeiten am Glockenstuhl und im Dachboden durchgeführt. Der Glockenstuhl war stark angerostet. Der Kirchendachboden wurde gebettet und ist dadurch gut zugänglich. 1991 wurde in die Sakristei eine computergesteuerte Schaltuhr für den Glocken- und Heizungsbetrieb eingebaut.
Leider war die Sicherung des Dachstuhls 1984 nicht ausreichend. Wegen der weiter auftretenden Risse an den Fenstern wurden seit Sommer 2000 statische Untersuchungen durchgeführt. Das Ergebnis: Verankerung und Aussteifung des Dachstuhls waren dringend erforderlich. Die Kosten der Maßnahme: 129.000 Euro, von denen die Kirchengemeinde 69.500 Euro aufbringen musste. Im Sommer 2001 wurden Zuganker eingebaut, Feuchtstellen entfernt, das Kirchenschiff und der Altarraum neu gestrichen. Schadhafte Dachziegel und Mauerstellen wurden ausgebessert, die Uhr wurde restauriert und erhielt ein neues Getriebe. Die Außenfassade, der Dachreiter, die Türen und die Fenster wurden überarbeitet und gestrichen. Eine Stahlkonstruktion versteift den Dachstuhl zusätzlich. Die Kirche ist jetzt auf die nächsten Jahrzehnte hinaus grundlegend gesichert.
Im Jahr 2006 überarbeitet von Thilo Auers unter Aufnahmen der Aufzeichnungen der Pfarrer von Gleisenau aus dem Archiv der Kirchengemeinde.